Se realiza el diagnóstico microbiológico de las enfermedades producidas por bacterias, hongos, virus y parásitos. La determinación microbiológica se realiza en distintos tipos de muestra: orina, heces, exudados vaginales, uretrales, conjuntivales, oticos, etc. Los distintos medios de cultivo utilizados, así como las tinciones y observaciones en fresco permiten el aislamiento y la identificación de los patógenos. El posterior antibiograma permitirá al facultativo ofrecer al paciente un tratamiento adecuado.